Una reciente auditoría realizada por la Contraloría ha puesto al descubierto graves fallas en el funcionamiento del Servicio Nacional de Aduanas, revelando que 25 contenedores seleccionados para revisión física salieron de las zonas primarias del país sin que se practicara el aforo de las mercancías que transportaban. Este hallazgo es parte del Informe Final N° 599, que examina los sistemas tecnológicos utilizados por Aduanas para la inspección y fiscalización de productos que ingresan al territorio nacional, abarcando operaciones entre el 1 de enero y el 31 de diciembre de 2024.
Deficiencias en el control de mercancías
La auditoría reveló múltiples deficiencias que comprometen el control de mercancías, incluyendo:
- Declaraciones de importación no seleccionadas para revisión a pesar de cumplir criterios de riesgo.
- Fotografías de escáneres compartidas a través de WhatsApp desde teléfonos personales.
- Denuncias de hallazgos de armas y municiones sin respaldo de cadena de custodia.
- Servidores obsoletos y vulnerabilidades informáticas en sistemas críticos.
La Contraloría ha ordenado a Aduanas iniciar sumarios para establecer responsabilidades administrativas debido a la gravedad de estos hallazgos. En particular, se identificó que los 25 contenedores salieron sin ser inspeccionados, lo que contraviene la función legal de Aduanas de vigilar y fiscalizar el paso de mercancías por las fronteras del país.
Problemas en el sistema de selectividad
El informe también destacó fallas en el sistema de Selectividad, que debería permitir la selección automática o manual de operaciones aduaneras para revisión. Contraloría identificó que, de 5.575.186 declaraciones de ingreso, 76 debieron ser sometidas a revisión física, pero no fueron marcadas por el sistema. Esto se debió a errores en la información ingresada y a la falta de reprocesamiento de las declaraciones modificadas.
Además, se constató que las comunicaciones entre Aduanas y los almacenistas se realizaban por correo electrónico, sin un mecanismo integrado que impidiera la salida de contenedores seleccionados para aforo, lo que genera descoordinaciones y aumenta el riesgo de liberación de mercancías sin fiscalización.
Acciones requeridas por la Contraloría
Ante esta situación, la Contraloría ha exigido a Aduanas presentar en un plazo de 60 días hábiles un plan de acción que contemple actividades, plazos y documentos de respaldo para ejecutar la segunda fase del proyecto Hermes, que busca mejorar la selección y control de contenedores. Sin embargo, hasta noviembre de 2025, el proyecto solo había avanzado un 11%.
La auditoría también incluyó una visita a la Dirección Regional de Aduanas de San Antonio, donde se constató que los camiones escáner disponibles no se utilizaban simultáneamente, lo que limita la capacidad de inspección. Además, las estaciones de trabajo en los camiones no estaban conectadas a los sistemas institucionales, lo que llevó a que los funcionarios tomaran fotografías de las pantallas de los escáneres con sus teléfonos personales.
Finalmente, la Contraloría ha ordenado investigar las deficiencias en la trazabilidad de armas y municiones, ya que numerosas denuncias carecían del respaldo documental necesario para asegurar su correcta custodia.

